Neben der Bürotätigkeit ist Michael Wagner auch in Forschung und Lehre tätig: Seit 2023 ist er Professor für Architektur und Städtebau an der Universität Liechtenstein, von 2018 bis 2023 hat er als Dozent die Vorlesungsreihe Städtebau an der ETH Zürich gehalten. Von 2010 bis 2018 war er dort Dozent und wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl von Professor Kees Christiaanse und hat von 2012 bis 2018 den Forschungsschwerpunkt Kulturlandschaft geleitet. 2017/18 war er Gastdozent für Städtebauliches Entwerfen an der Universität Liechtenstein, von 2013 bis 2018 war er dort externer Dozent im Master-Studiengang für die Seminare ‹Regenerative Environments› und ‹Settlement and Territory›. 2014 hatte er eine Gastprofessur Agenda-Lehre an der Technischen Universität München. Zwischen 2007 und 2009 hat er mit Rahel Lämmler das Werk des ostdeutschen Betonschalenbauers Ulrich Müther untersucht.

Ausgewählte Publikationen:
Zukunft entwerfen, 2022
Städtische Verdichtung: Auswirkung auf den Energieverbrauch, 2021
Ersatzneubau? Nicht unbedingt, aber wenn, dann richtig!, 2020
Rurbanitas: Von der Schaffung urbaner Qualitäten auf dem Land, 2019
Kulturlandschaft entwerfen. Für einen integralen Planungsansatz, 2018
Cahiers de l'ASPAN: Tout reste différent – Vers un avenir partagé, 2017
Aktionsplan Zernez Energia 2020, 2015
Leitfaden Zernez Energia 2020, 2015
Stadt als Ressource: Bilder der Stadt, 2014
Urban Design in the Age of the Anthropocene, 2014
Ulrich Müther. Schalenbauten in Mecklenburg-Vorpommern, 2008